| 1. | 2012-Atual. Modelos e métodos de e-Science para ciências da vida e agrárias Descrição: Este projeto visa a criação de uma rede colaborativa de eScience para acelerar pesquisa avançada em ciências da vida (biologia, medicina, oceanografia) e ciências agrárias. Está estruturado em tomo de cinco linhas de pesquisa - biologia de sistemas, planejamento de safras, computação visual, modelagem matemática e bancos de dados. Vigência: 01 de fevereiro de 2012 - 31 de janeiro de 2016. Coordenador Geral Roberto Marcondes Cesar Jr.. Coordenador da área de Banco de Dados: João Eduardo Ferreira.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: João Eduardo Ferreira - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador / João Eduardo Ferreira - Integrante. Membro: João Eduardo Ferreira. |
| 2. | 2012-Atual. Núcleo e-Science de Apoio a Pesquisa da Universidade de São Paulo Descrição: Projeto financiado pela Pró-Reitoria de Pesquisa da Universidade de Sáo Paulo. vigência 30/06/2012 a 30/05/2016. Coordenador Geral: Roberto Marcondes Cesar Jr.. Coordenador da área de Banco de Dados: João Eduardo Ferreira.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador / João Eduardo Ferreira - Integrante. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: João Eduardo Ferreira. |
| 3. | 2012-Atual. Sistema de Busca Livre em Laudos de Exames de Imagem Descrição: Este projeto visa a desenvolver um sistema de busca livre em laudos de exames de imagem, que associem tanto texto quanto características das imagens.. Situação: Em andamento; Natureza: Outra. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Marcel Parolin Jackowski - Integrante / Lúcio Valetin - Integrante / Marcel Parolin Jackowski - Coordenador. Membro: Marcel Parolin Jackowski. |
| 4. | 2012-Atual. Sistema de Busca Livre em Laudos de Exames de Imagem Descrição: Este projeto visa a desenvolver um sistema de busca livre em laudos de exames de imagem, que associem tanto texto quanto características das imagens.. Situação: Em andamento; Natureza: Outra. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Marcel Parolin Jackowski - Integrante / LÚCIO VALENTIN - Integrante / Marcel Parolin Jackowski - Coordenador. Membro: Marcel Parolin Jackowski. |
| 5. | 2012-Atual. Transactional Model and Performance Analysis for Business Processes and e-Science Applications. Descrição: In modern science and business process studies the main challenge is not anymore in data acquisition but mainly in data processing, analysis, storage and transfer. To treat these challenges, work ow and business process systems have received increased attention from research and industry communities. Despite of the signi cant eorts and software tools developed, the work ows and business processes still oer a scenario with several research challenges, mainly related to the scalability and reliability of their execution in the new collaborative and high-performance computing platforms. In this pro ject, we are focusing in two important issues (called axes) belonging to this scenario: transaction processing and prediction of performance related to dierent phases of the work ow life cycle. The rst axis is related to transaction processing aiming to grant a exible and reliable environment for the modeling and execution of work ows. The second research axis is related to prediction of performance of work ows by means of formal modeling, in order to support a better provisioning of resources and a better scheduling of tasks in such type of applications. To validate the results obtained in these two research axes, we will use two real-world case studies that are important examples of both work ows and e-Science applications. In addition to the academic results provided in this project, we also hope to increase the research capability of the DATA group through two important research axes and also the validation of academic results based on two important case studies.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (2) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador / Luciano V Araújo - Integrante / Marcio Katsumi Oikawa - Integrante / Kelly Rosa Braghetto - Integrante / João Eduardo Ferreira - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: João Eduardo Ferreira. |
| 1. | 2011-Atual. Análise e síntese de faces e expressões faciais em 3D Descrição: O projeto prevê o desenvolvimento de métodos e aplicações de Computação Gráfica, Visão Computacional e Reconhecimento de Padrões para a análise (estudo/caracterização) e síntese (geração/criação) de faces e expressões faciais em 3D. Neste projeto serão estudados o problemas de análise e síntese de faces 3D considerando tanto um banco de dados de faces 3D reais, quanto modelos de faces sintéticos. O principal foco do projeto reside no desenvolvimento de técnicas para a reconstrução e caricaturização facial 3D a partir de amostras de treinamento de faces reais.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: CESAR JUNIOR, R. M. - Integrante / VELHO, L. - Integrante / Jesús Pascual Mena Chalco - Coordenador. Número de produções C, T A: 7 / Número de orientações: 1 Membro: Jesús Pascual Mena Chalco. |
| 2. | 2011-2013. Desafios em Projeto Multinível de Operadores Morfológicos Descrição: Projetar operadores morfológicos que apresentam bom desempenho em problemas de processamento e análise de imagens não é, em geral, uma tarefa simples. Uma abordagem útil para auxiliar o projeto de operadores é sua formulação como um problema de aprendizagem computacional: pares de imagens entrada-saída são utilizados como amostras de treinamento para gerar, via técnicas de aprendizagem computacional, um operador que procura mapear as imagens de entrada para as respectivas imagens de saída. No contexto considerado, esses operadores são caracterizados por uma função local que depende de uma vizinhança na imagem em torno do ponto a ser processado. Vizinhanças muito pequenas restringem a classe de operadores, gerando erro de restrição, e vizinhanças muito grandes resultam em imprecisão, gerando muita variância. Uma abordagem promissora recentemente proposta para balancear esses dois tipos de erro no caso de operadores binários é o projeto multinível de operadores. Nessa abordagem, o treinamento é realizado em múltiplos níveis, de forma a combinar em cada nível os resultados dos níveis anteriores. A escolha dos parâmetros dessa abordagem multinível tem sido realizada, por enquanto, manualmente. Este projeto de pesquisa pretende investigar aspectos práticos e teóricos dessa abordagem; em particular, pretende automatizar a escolha de parâmetros e estender a abordagem multinível para operadores sobre imagens em tons e cinza.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador / Roberto Hirata Junior - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Hirata Junior. Descrição: Projetar operadores morfológicos que apresentam bom desempenho em problemas de processamento e análise de imagens não é, em geral, uma tarefa simples. Uma abordagem útil para auxiliar o projeto de operadores é sua formulação como um problema de aprendizagem computacional: pares de imagens entrada-saída são utilizados como amostras de treinamento para gerar, via técnicas de aprendizagem computacional, um operador que procura mapear as imagens de entrada para as respectivas imagens de saída. No contexto considerado, esses operadores são caracterizados por uma função local que depende de uma vizinhança na imagem em torno do ponto a ser processado. Vizinhanças muito pequenas restringem a classe de operadores, gerando erro de restrição, e vizinhanças muito grandes resultam em imprecisão, gerando muita variância. Uma abordagem promissora recentemente proposta para balancear esses dois tipos de erro no caso de operadores binários é o projeto multinível de operadores. Nessa abordagem, o treinamento é realizado em múltiplos níveis, de forma a combinar em cada nível os resultados dos níveis anteriores. A escolha dos parâmetros dessa abordagem multinível tem sido realizada, por enquanto, manualmente. Este projeto de pesquisa pretende investigar aspectos práticos e teóricos dessa abordagem; em particular, pretende automatizar a escolha de parâmetros e estender a abordagem multinível para operadores sobre imagens em tons e cinza.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Hirata Jr. - Integrante / Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata. |
| 3. | 2011-2013. Integração de Dados na Biologia Sistêmica: Caracterização de Fenômenos Biológicos a partir de Informações Estruturais e Funcionais Descrição: The purpose of this project is to develop a modeling that allows: a) analysis of gene expressions and GRNs inference; b) generation of techniques for integration of biological data with the intention of characterization and identification of the biological process; c) integration between the functional analysis and structural analysis. In this sense, it is expected in this project the development of a software environment for the integration of several biological data sources in different levels, allowing to investigate the relationship between biological network structure and its biological function.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (1) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / David C Martins - Integrante / Helena P. Brentani Samaia - Integrante / Fabrício Martins Lopes - Integrante / Marie-Anne Van Sluys - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 1 Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto. |
| 4. | 2011-Atual. Investigação da alternância entre contextos como novo paradigma de interação baseada no olhar Descrição: Interfaces baseadas no olhar utilizam rastreadores de olhar (\textit{Eye Gaze Trackers}) como dispositivo de entrada. Tais dispositivos informam ao computador a posição sobre o monitor observada pelo usuário a cada instante. Ao associar o cursor à posição do olhar, o apontamento de objetos da interface pode ser feito de forma bastante natural, porém a seleção dos objetos (``clicar'' com o olhar) continua um problema que ainda não foi resolvido satisfatoriamente. Dentre os métodos sugeridos podemos citar o piscar do olho, gestos do olhar e tempo de latência (ou \textit{dwell time}). Essa última alternativa, talvez devido a sua simplicidade, é a mais utilizada até o momento. A ideia é que o usuário precisa manter o olhar fixo sobre um objeto (por um período de latência), para selecioná-lo. Apesar de simples, utilizando um tempo de latência muito curto temos o problema conhecido como ``toque de Midas'', onde todo o objeto observado pelo usuário é ativado. Caso o tempo seja longo, a interação se torna lenta. Este projeto propõe a investigação da alternância entre contextos como novo paradigma de ativação em interfaces baseadas no olhar \cite{Morimoto:10}. Tal paradigma, proposto recentemente por nosso grupo, oferece maior conforto (pois elimina o problema do toque de Midas) e velocidade (pois associa a seleção a um movimento rápido do olhar). Como resultado dessa pesquisa, serão criados aplicativos computacionais controlados pelo olhar mais eficientes e genéricos que os atuais. Essa tecnologia deve facilitar a comunicação de pessoas portadoras de deficiências físicas, permitindo-lhes uma maior integração social, e todos os aplicativos serão disponibilizados como software livre.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . Integrantes: Carlos Hitoshi Morimoto - Coordenador / Carlos Hitoshi Morimoto - Integrante. Membro: Carlos Hitoshi Morimoto. |
| 5. | 2011-2014. Métodos e Técnicas para Exploração e Análise de Bioimagens Descrição: A demanda pela análise de imagens oriundas das mais variadas subáreas biomédicas e biológicas tem nitidamente crescido nos últimos anos. Além dos desafios computacionais diretamente relacionados à natureza da análise em questão, tais como a complexidade das imagens e o grande volume e tipos de problemas, verificam-se desafios relacionados à multidisciplinaridade e à necessidade de melhor integração de resultados gerados no tratamento de diferentes problemas. Este projeto de pesquisa propõe a investigação, desenvolvimento e validação de métodos e técnicas inovadoras para exploração e análise de bioimagens. Para viabilizar essa investigação, diversos subprojetos, todos relacionados a algum problema de análise de bioimagens e que envolvem colaborações com pesquisadores das áreas biológicas, são contemplados nesta proposta. Adicionalmente, está previsto o desenvolvimento de um ambiente unificado para exploração e análise de imagens, que terá papel importante para operacionalizar e viabilizar o desenvolvimento dos métodos e técnicas, melhorar as interações em colaborações multidisciplinares e permitir reaproveitamento de resultados. Com isso, esta proposta visa contribuir para formação de competência nacional em análise de bioimagens.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (2) . Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Roberto Marcondes César Junior - Integrante / Marcel Parolin Jackowski - Integrante / Fabrício Martins Lopes - Integrante / Roberto Hirata Junior - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Hirata Junior. Descrição: A demanda pela análise de imagens oriundas das mais variadas subáreas biomédicas e biológicas tem nitidamente crescido nos últimos anos. Além dos desafios computacionais diretamente relacionados à natureza da análise em questão, tais como a complexidade das imagens e o grande volume e tipos de problemas, verificam-se desafios relacionados à multidisciplinaridade e à necessidade de melhor integração de resultados gerados no tratamento de diferentes problemas. Este projeto de pesquisa propõe a investigação, desenvolvimento e validação de métodos e técnicas inovadoras para exploração e análise de bioimagens. Para viabilizar essa investigação, diversos subprojetos, todos relacionados a algum problema de análise de bioimagens e que envolvem colaborações com pesquisadores das áreas biológicas, são contemplados nesta proposta. Adicionalmente, está previsto o desenvolvimento de um ambiente unificado para exploração e análise de imagens, que terá papel importante para operacionalizar e viabilizar o desenvolvimento dos métodos e técnicas, melhorar as interações em colaborações multidisciplinares e permitir reaproveitamento de resultados. Com isso, esta proposta visa contribuir para formação de competência nacional em análise de bioimagens.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (2) . Integrantes: Roberto Hirata Jr. - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Marcel Parolin Jackowski - Integrante / Fabrício Martins Lopes - Integrante / Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador. Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata. |
| 6. | 2011-2013. Representação Supertoroidal do Tensor de Difusão: Análise da Substância Branca Cerebral no Transtorno Bipolar Descrição: A substância branca (SB) tem importância fundamental na compreensão das funções ce- rebrais tendo em vista a rede de comunicação neural que ela estabelece. Sabe-se que os transtornos psiquiátricos, incluindo o transtorno afetivo bipolar (TAB), estão associados a anormalidades sutis de SB que demandam métodos robustos e eficientes de análise. A imagem por tensor de difusão (DTI) é uma modalidade promissora de imagens capaz de caracterizar alterações estruturais em SB. No entanto, a sua natureza multidimensional e multivariada faz com que o estudo neuropatológico em TAB torne-se uma tarefa desafia- dora. Assim, faz-se necessário o uso de métodos de análise de DTI que sejam robustos e apropriados para entendermos o papel destas anormalidades. Este projeto visa o desen- volvimento e a avaliação de uma nova metodologia de análise utilizando a representação supertoroidal do tensor de difusão. O objetivo desta representação é aprimorar a caracte- rização da SB de forma visual e quantitativa através de novos índices de difusividade e anisotropia. Experimentos utilizando phantoms revelaram que estes índices são sensíveis à mudanças estruturais e que podem descrever alterações no cérebro. Resultados prelimi- nares utilizando DTI de um cérebro humano normal mostraram que tratos de SB podem ser identificados sem ambiguidades pelo modelo supertoroidal. Para avaliar a eficácia desta nova metodologia, imagens DTI de pacientes com transtorno bipolar e de indiví- duos saudáveis serão analisadas e comparadas estatisticamente. Desta forma, esperamos que esta abordagem possa avançar o conhecimento da neurofisiologia do TAB e trazer informações inéditas para a caracterização da SB em ou. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (4) Doutorado: (1) . Integrantes: Marcel Parolin Jackowski - Integrante / Mekkaoui, Choukri - Integrante / Sheila Caetano - Integrante / Marcel Parolin Jackowski - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Marcel Parolin Jackowski. |
| 1. | 2010-2011. Desenvolvimento de ferramentas computacionais para criação e análise de indicadores dos dados clínicos e moleculares de pacientes HIV para gestão e tomada de decisão do Departamento de DST, Aids e Hepatites Virais Descrição: O Departamento de DST, Aids e Hepatites Virais precisa de ferramentas de Bioinformática para auxiliar a análise dos seus resultados. Esse projeto deseja alcançar: 1) capacitação técnica para entendimento do ambiente computacional e o código fonte dos sistemas: DBCollHIV, HIVdag e extração e análise de indicadores dos dados clínicos e moleculares; 2) domínio e aplicação das técnicas de classificação e análise de dados clínicos e moleculares bem como a identificação automatizada das associações entre mutações e resistência a drogas. 3) desenvolvimento do algoritmo para identificação de mutações tendo como ponto de partida arquivos de seqüências em formato FASTA; 4) Sistemas transacionais para inserção de dados clinicos e moleculares confiáveis e disponívieis na internet.. Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador. Membro: João Eduardo Ferreira. |
| 1. | 2008-Atual. Expressão genica em tumores do estomago e do esofago: da biologia ao diagnóstico Descrição: Os tumores da porção superior do trato digestivo (esôfago e estômago) representam um importante desafio na pesquisa sobre o câncer. A grande maioria dos pacientes é diagnosticada tardiamente e, por conseqüência, com prognóstico bastante limitado. Enquanto os adenocarcinomas de estômago representam a segunda maior cause de morte relacionada ao câncer, os adenocarcinomas do esôfago apresentam a maior taxa de crescimento percentual nos Estados Unidos e Europa, assim como nas populações de maior renda no hemisfério sul. Os adenocarcinomas do estômago e do esôfago estão freqüentemente associados a processos inflamatórios da mucosa normal. Esse processo inflamatório crônico leva à substituição da mucosa normal por um tecido colunar do tipo intestinal, denominado metaplasia intestinal do estômago e que, no esôfago, recebe a denominação de mucosa de Barrett. Essas duas patologias não devem ser consideradas doenças pré-malígnas, uma vez que a taxa de transformação em adenocarcinomas é reduzida, mas representam o fator de risco mais importante para os adenocarcinomas dos dois órgãos. Usando a metodologia de microarranjos de DNA, estudamos as características moleculares de amostras de tecido representando mucosa normal, metaplasia intestinal e adenocarcinomas desses dois órgãos. Com base nestes dados, aplicamos ferramentas matemáticas e estatísticas para identificar assinaturas moleculares capazes de classificar precisamente as amostras. Também, foi possível definir um conjunto de alterações em vias metabólicas relacionadas aos processos inflamatórios e de metabolismo de glicerolípedes que poderão contribuir para o entendimento da origem e dos processos moleculares envolvidos na transformação maligna. Neste projeto, pretendemos criar uma rede de instituições e pesquisadores com tradição de pesquisa em tumores de estomago e esôfago que permitirá acesso a um número maior de amostras com dados clínicos e epidemiológicos associados. Com essas amostras, pretendemos estabelecer uma. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (5) Doutorado: (5) . Integrantes: Luis Fernando Reis - Coordenador / Neves, E Jordão - Integrante / Roberto Hirata Junior - Integrante. Membro: Roberto Hirata Junior. |
| 2. | 2008-Atual. Predição Intrinsecamente Multivariada e Redes Booleanas Probabilísticas Contextuais Descrição: As reações químicas que resultam na expressão de genes no nível molecular são complexas e ainda não são totalmente compreendidas. Um aspecto importante deste fenômeno é a interação entre os genes. Sabe-se que os genes enviam, recebem e processam informações formando uma complexa rede de comunicação. Em particular, em algumas rede de comunicação, é conhecido o fato de existirem genes mestres que têm um amplo poder de regulação sobre outros genes escravos. A existência desses genes mestres que podem restringir, ou canalizar, um sistema a certos estados biológicos particulares foi originalmente proposta por Conrad Waddington em 1942. Tais genes mestres são chamados de genes canalizadores. Como é de se esperar, a análise de um sistema complexo e altamente integrado para identificar tais genes canalizadores a partir de amostras de dados biológicos tais como microarrays é uma tarefa bastante difícil. Recentemente, em um trabalho desenvolvido a partir de observações de genes canalizadores, introduzimos o conceito de genes de predição intrinsicamente multivariada e descrevemos analiticamente suas propriedades. O modelo de genes IMP captura a idéia de canalização de um sistema biológico com respeito a genes que podem forçar ações corretivas amplas em processos celulares. Um dos objetivos deste projeto de pesquisa é fazer uma extensão deste estudo para obter características que são cruciais para produzir genes IMPs em redes de regulação gênica. Posteriormente o intuito é avançarmos a pesquisa para encontrar métodos que identifiquem redes Booleanas probabilísticas contextuais que contenham genes IMPs a partir de dados biológicos tais como microarrays.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (1) . Integrantes: Edward R Dougherty - Integrante / Michael L Bittner - Integrante / Ulisses Braga-Neto - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto. |
| 3. | 2008-2010. Redes de interação gênica ``semeadas'' por cliques Descrição: No presente projeto de pesquisa pretende-se estudar subsistemas biológicos dentro de um sistema complexo usando o modelo de Redes Booleanas Probabilísticas e a abordagem de aprendizado estatístico e computacional. O número de genes a ser considerado no subsistema é pequeno de forma a viabilizar as inferências entre os genes de estudo e, simplificar os modelos matemáticos e computacionais. A importância deste trabalho é que os algoritmos desenvolvidos podem ajudar pesquisadores a encontrar genes ainda não conhecidos envolvidos em importante processos biológicos, além de fortalecer a colaboração dos grupos envolvidos (Brasil, Argentina e USA).. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (2) . Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Rodrigo Assirati Dias - Integrante / Santos, Carlos S. - Integrante / Rodrigo Flores - Integrante / Carlos Higa - Integrante / Roberto Hirata Junior - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Hirata Junior. |
| 1. | 2007-2009. Abordagens hierárquicas para classificação de dados Descrição: Classificação de dados é uma parte fundamental em diversos problemas reais. Em muitas aplicações, técnicas de treinamento são utilizadas para ajuste dos parâmetros dos classificadores a partir de amostras de dados pré-classificados. Problemas com grande número de classes requerem o ajuste de muitos parâmetros. Uma das conseqüências disto é a necessidade de grande tempo de treinamento e pouca precisão estatística nos ajustes. Uma abordagem comum para contornar essas dificuldades consiste na decomposição do problema original de classificação em subproblemas mais tratáveis, seguida de composição das soluções dos subproblemas para a obtenção de uma solução para o problema original. No entanto, na prática, as formas de decomposição e composição são realizadas experimentalmente, tornando-se também um processo demorado. Este projeto propõe o estudo e elaboração de técnicas para automatizar a escolha da forma de decomposição/composição. Teste e validação dessas técnicas serão realizadas no contexto de projeto de operadores morfológicos para processamento de imagens e em reconhecimento de símbolos em expressões matemáticas manuscritas.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador. Financiador(es): Não informado / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata. |
| 2. | 2007-2009. Análise e Classificação de Comportamentos de Doadores de Sangue em Banco de Dados Multidimensionais Descrição: Um dos desafios para aplicações E-Science é a análise em larga escala de séries temporais, originárias de grandes bancos de dadosmultidimensionais. Este projeto propõe a integração de algoritmos de visualização e classificação não-supervisionada de séries temporais armazenadas em banco de dados multidimensionais. Esta integração será validada com a utilização de um banco de dados real de doadores de sangue de três grandes hemocentros do Brasil, de modo a melhor caracterizar o comportamento desses doadores tendo em vista a melhoria da segurança transfusional.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / João Eduardo Ferreira - Coordenador / Ester Cerdeira Sabino - Integrante / Nina Sumiko Tomita Hirata - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata. Descrição: Um dos desafios para aplicações E-Science é a análise em larga escala de séries temporais, originárias de grandes bancos de dados multidimensionais. Este projeto propõe a integração de algoritmos de visualização e classificação não-supervisionada de séries temporais armazenadas em banco de dados multidimensionais. Essa integração será validada com a utilização de um banco de dados real de doadores de sangue de três grandes hemocentros do Brasil, de modo a melhor caracterizar o comportamento desses doadores tendo em vista a melhoria da segurança transfusional.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / Ester C. Sabino - Integrante / Nina Sumiko Tomita Hirata - Integrante / João Eduardo Ferreira - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: João Eduardo Ferreira. |
| 3. | 2007-2009. Coordenador de projeto CAPES-COFECUB: Raciocínio espacial em imagens: modelagem de relações espaciais complexas entre objetos em função de formas e novas abordagens para o reconhecimento de estruturas em seqüências de vídeo Descrição: Projeto em colaboração com a Professora Isabelle Bloch (ENST-Paris): O raciocínio espacial em imagens é uma área de pesquisa ainda muito pouco desenvolvida, necessitando da criação de modelos de representação das entidades espaciais, de suas relações e de sua integração em modos de raciocínio. A importância das relações espaciais para o reconhecimento estrutural de padrões já foi mostrada em diversas situações. Entretanto, tais relações possuem diferentes significados dependendo da forma dos objetos envolvidos, podendo ainda variar com o tempo em seqüências de vídeo. Este projeto prevê o desenvolvimento de modelos matemáticos para tais relações, bem como de algoritmos de reconhecimento que os explorem no contexto de análise de imagens. Está previsto o desenvolvimento de modelos matemáticos baseados em conjuntos nebulosos que permitam a exploração de ferramentas de fusão de informações e de raciocínio. Tais modelos serão integrados a representações por grafos para o raciocínio e o reconhecimento de padrões. Aplicações previstas incluem o processamento de imagens médicas do cérebro e o reconhecimento de faces em seqüências de vídeo.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Isabelle Bloch - Integrante / Luis A. Consularo - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior. |
| 4. | 2007-2009. IAPen -- InterActivePen: Interação via dispositivos de escrita Descrição: Para manipular um grande volume de dados, além de algoritmos ''inteligentes'' capazes de processar o conteúdo dos mesmos, é necessário termos formas efetivas de interagir com os dados. Tradicionalmente, a forma de interação com sistemas computacionais resume-se a interações via interfaces gráficas usando-se dispositivos como o teclado e o mouse. Dispositivos do tipo {\em tablet}, juntamente com uma caneta digital ( stylus), permitem a interação também via escrita. No entanto, a escrita ainda não é uma forma comum de interação, apesar de existirem várias situações nas quais a interação via escrita é mais natural do que via teclado ou mouse. Este projeto propõe investigar a escrita como meio de interação em dois contextos distintos (reconhecimento de expressões matemáticas manuscritas e segmentação de imagens) a fim de propor modelos genéricos de interação via escrita que possam também ser utilizados em outros contextos de aplicação. Desta forma, visa contribuir para a difusão de softwares capazes de explorar todo o potencial da escrita como mecanismo de interação.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata. |
| 5. | 2007-2009. Modelando e Inferindo Ciclo Celular usando Redes Booleanas Probabilísticas Contextuais Descrição: Uma complexa rede molecular é responsável pelo processo de ciclo celular que divide uma célula em duas filhas. Com o intuito de modelar e entender o processo do ciclo celular, uma atenção considerável tem sido dada ao ciclo celular da levedura. Em particular, um modelo que tem chamado muita atenção no estudo de redes gênicas é o modelo de redes Booleanas probabilísticas contextuais que essencialmente é uma coleção finita de redes Boolenas com pertubação (BNp). Uma BNp é uma rede Booleana onde cada gene pode aleatoriamente mudar (trocar) seu valor a cada instante de tempo com uma pequena probabilidade de pertubação. Este projeto tem um objetivo $(i)$ estudar e propor um novo modelo estocástico para o ciclo celular da levedura usando redes Booleanas probabilísticas contextuais mais robusto e estável que o modelo de Zhang et al. e $(ii)$ propor um algoritmo dentro do modelo de redes Booleanas probabilísticas contextuais que a partir de dados de microarray do ciclo celular da levedura, encontre mais genes e/ou mais interações gênicas para serem acrescentados à rede de regulação modelado por Li et al. Espera-se com esta pesquisa, avançar nestes dois pontos para estudo e modelagem posterior de outros processos biológicos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Roberto Hirata Jr. - Integrante / Carlos Henrique Aguena Higa - Integrante / Nina S. T. Hirata - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.Número de orientações: 2 Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto. |
| 6. | 2007-2009. Redes de interação gênica semeadas por cliques Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Hirata Jr. - Coordenador / Marcel Brun - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Nina Sumiko Tomita Hirata - Integrante. Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata. |
| 7. | 2007-Atual. Retrovirus Epidemiology Donor Study - REDS Descrição: Há 15 anos os National Institute of Health nos Estados Unidos financia um grupo de seis bancos de sangue nos EUA denominado REDS (Retrovirus Epidemiology Donor Study) que desenvolvem pesquisas relacionadas à segurança transfusional. Em 2005, uma concorrência para que outros países submetessem projetos de pesquisa para fazerem parte desta rede. Com base no mérito do trabalho, foram escolhidos o Brasil e a China para participarem desta nova etapa, que se chama REDS Internacional O projeto terá duração de 4 anos e serão aplicados cerca de US 3 milhões na proposta brasileira. Três hemocentro brasileiros (Fundação Pró-Sangue/ Hemocentro de São Paulo, Hemominas, e HEMOPE) submeteram um proposta juntamente com o Blood Systems Research Institute (BSRI) em São Francisco. Este projeto também terá a participação do Departamento de Ciência da Computação do IME/USP e do Depto. de Medicina Preventiva e Social da UFMG. O projeto será liderado pela Dra Ester C Sabino da Fundação Pró-Sangue e terá a participação dos seguintes pesquisadores do Brasil: Anna Barbara F. Carneiro-Proietti- Fundação Hemominas Divaldo Sampaio - HEMOPE Thelma Gonzalez - Fundação Pró-Sangue Hemocentro de São Paulo Fernando A Proietti - Depto. de Medicina Preventiva e Social da Universidade Federal de Minas Gerais João Eduardo Ferreira - Departamento de Ciência da Computação do Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo. O principal objetivo do estudo é obter informações que possam reverter na melhoria da segurança transfusional. O projeto prevê o desenvolvimento de um banco de dados que auxilie os hemocentros a analisar os dados guardados por seu sistema operacional. Serão desenvolvidos 3 projetos de pesquisa: a) Risco residual de transmissão de HIV b) Estudo epidemiológico epidemiológico relacionado à validade das perguntas usadas na triagem de doadores. c) Historia Natural da doença de Chagas, com História natural da doença de Chagas, com. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (1) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador. Financiador(es): National Institutes of Health - Auxílio financeiro. Membro: João Eduardo Ferreira. |
| 1. | 2006-Atual. Aprendizado computacional na descoberta de marcadores moleculares para câncer Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Hirata Junior - Coordenador. Membro: Roberto Hirata Junior. |
| 2. | 2006-2011. Bioimage Suite: A multiplatform image analysis package Descrição: BioImage Suite is an integrated image analysis software suite developed at Yale and (will be) released under the GNU General Public License. BioImage Suite has been extensively used at different labs at Yale for the last 3-4 years. BioImage Suite has extensive capabilities for both neuro/cardiac and abdominal image analysis and state of the art visualization. Many packages are available that are highly extensible, and provide functionality for image visualization and registration, surface editing, cardiac 4D multi-slice editing, diffusion tensor image processing, mouse segmentation and registration, and much more. It can be intergrated with other biomedical image processing software, such as FSL and SPM. This site provides information, downloads, documentation, and other resources for users of the software.. Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissionalizante: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Marcel Parolin Jackowski - Integrante / Xenophon Papademetris - Coordenador / Hirohito Okuda - Integrante / Marcel Parolin Jackowski - Integrante. Financiador(es): National Institute Of Health - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 1 Membro: Marcel Parolin Jackowski. |
| 3. | 2006-Atual. Coordenador: Cooperação internacional CNPq/NSF: Facing 3D Descrição: Reconhecimento de faces e expressões faciais em seqüências de vídeo usando informação 3D. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissionalizante: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: L Velho - Integrante / Matthew Turk - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Cooperação / National Science Foundation - Cooperação. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior. |
| 4. | 2006-Atual. Modelagem por redes (grafos) e técnicas de reconhecimento de padrões: estrutura, dinâmica e aplicações Descrição: Dentre os desafios enfrentados atualmente pela pesquisa em reconhecimento de padrões, cabe ressaltar três linhas fundamentais: (a) problemas em que elementos devem ser descritos estruturalmente através de uma rede indicando conexões entre tais elementos; (b) problemas envolvendo a evolução da informação ao longo de alguma variável independente (e.g. tempo, no caso de seqüências de vídeo); (c) problemas envolvendo ambos aspectos, i.e. uma rede de elementos cuja dinâmica evolui ao longo de alguma variável independente. O presente projeto temático, unindo os grupos de visão do IME-USP e IFSC-USP, além de pesquisadores colaboradores de outras instituições, prevê o estudo, desenvolvimento e aplicação de técnicas de reconhecimento de padrões com esses três itens formando o tema de integração da pesquisa. Além da área de reconhecimento de padrões, o projeto inclui técnicas e problemas de visão computacional, processamento de imagens e de sinais e bioinformática, todas sendo áreas de trabalho dos pesquisadores proponentes. As atividades de pesquisa tratarão de aspectos de reconhecimento de padrões e de redes em ambas direções: (1) utilização de técnicas de reconhecimento de padrões para auxiliar na análise de redes em aplicações específicas; (2) desenvolvimento de técnicas de reconhecimento de padrões baseadas em redes. Esta linha de pesquisa incluirá a utilização de grafos em reconhecimento estrutural de padrões e raciocínio espacial. Os métodos em tais abordagens são marcados pelo fato que a tarefa de reconhecimento não envolve apenas os objetos em uma imagem, mas igualmente as relações entre tais objetos. Parte da importância da utilização dessas relações advém do fato que tais relações são frequentemente mais estáveis nas cenas que muitas propriedades dos objetos em si. Em particular, pretende-se explorar técnicas que descrevem a estrutura dos elementos em imagens através de grafos. Nesse caso, a rede é formada por elementos de uma imagem cujos arcos representam relaçõe. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (7) Doutorado: (5) . Integrantes: Junior Barrera - Integrante / Roberto Hirata Jr. - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador / Nina S. T. Hirata - Integrante / luciano da Fountoura Costa - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto. Descrição: Reconhecimento estrutural de padrões.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissionalizante: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: L. da F. Costa - Integrante / J Barrera - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior. Descrição: Dentre os desafios enfrentados atualmente pela pesquisa em reconhecimento de padrões, cabe ressaltar três linhas fundamentais: (a) problemas em que elementos devem ser descritos estruturalmente através de uma rede indicando conexões entre tais elementos; (b) problemas envolvendo a evolução da informação ao longo de alguma variável independente (e.g. tempo, no caso de seqüências de vídeo); (c) problemas envolvendo ambos aspectos, i.e. uma rede de elementos cuja dinâmica evolui ao longo de alguma variável independente. O presente projeto temático, unindo os grupos de visão do IME-USP e IFSC-USP, além de pesquisadores colaboradores de outras instituições, prevê o estudo, desenvolvimento e aplicação de técnicas de reconhecimento de padrões com esses três itens formando o tema de integração da pesquisa. Além da área de reconhecimento de padrões, o projeto inclui técnicas e problemas de visão computacional, processamento de imagens e de sinais e bioinformática, todas sendo áreas de trabalho dos pesquisadores proponentes. As atividades de pesquisa tratarão de aspectos de reconhecimento de padrões e de redes em ambas direções: (1) utilização de técnicas de reconhecimento de padrões para auxiliar na análise de redes em aplicações específicas; (2) desenvolvimento de técnicas de reconhecimento de padrões baseadas em redes. Esta linha de pesquisa incluirá a utilização de grafos em reconhecimento estrutural de padrões e raciocínio espacial. Os métodos em tais abordagens são marcados pelo fato que a tarefa de reconhecimento não envolve apenas os objetos em uma imagem, mas igualmente as relações entre tais objetos. Parte da importância da utilização dessas relações advém do fato que tais relações são frequentemente mais estáveis nas cenas que muitas propriedades dos objetos em si. Em particular, pretende-se explorar técnicas que descrevem a estrutura dos elementos em imagens através de grafos. Nesse caso, a rede é formada por elementos de uma imagem cujos arcos representam relaçõe. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (7) Doutorado: (5) . Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Roberto Marcondes César Junior - Coordenador / Luciano da Fontoura Costa - Integrante / Roberto Hirata Junior - Integrante. Membro: Roberto Hirata Junior. |
| 5. | 2006-2009. Processamento de Requisições em Larga Escala Utilizando o Conceito de Plano de Navegação Descrição: Processamento de requisição é uma aplicação importante no gerenciamento de processos de negócio. Dois dos principais desafios para projeto e implementação de sistemas de processamento de requisi-ções são: (1) inter-operação e integração de sistemas de informação autônomos e heterogêneos; (2) evolução flexível e composição de elementos de software que implementam o workflow de processa-mento de requisições. Nesse projeto de pesquisa propomos o conceito de Plano de Navegação como solução para vários desafios de processamento de requisições. A hipótese principal de nossa pesquisa é que os três estágios de processamento de requisições podem ser separados, implementados, integrados e executados através de interfaces que apóiam tanto a integração de sistemas autônomos e heterogêneos como também a evolução flexível de workflows. Os três estágios são: primeiro, um cli-ente (usuário ou outro programa) gera uma requisição, isto é, um pedido de informação, materiais ou serviços; segundo, a requisição é validada através de uma série de passos de negócio. Isso é impor-tante desde que as requisições validadas possam ser finalizadas apenas quando elas satisfaçam as exigências especificadas nos passos de negócio; terceiro, a requisição validada é submetida aos pro-cessos de execução apropriados para atender às exigências especificadas. A representação e execu-ção de passos de negocio em ambientes de workflows tem gerado vários desafios. Um deles é: Qual é a melhor fundamentação formal e linguagem para controlar padrões de workflow? Algumas das lin-guagens workflow advogam abordagem de Redes de Petri ou Álgebra de Processos, como fundamen-tação formal. Entretanto, a implementação de padrões de workflow descritas por Álgebra de Proces-sos ainda é um problema em aberto. Nessa pesquisa, Álgebra de Processos tem sido usada para representar uma descrição semi-formal da linguagem de definição de Plano de Navegação (NPDL). Seis atividades são propostas nesse projeto de pesquisa para aprofu. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (3) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.Número de orientações: 2 Membro: João Eduardo Ferreira. |
| 6. | 2006-2010. Reconstrução de faces 3D através de espaços de componentes principais Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: CESAR JUNIOR, R. M. - Integrante / VELHO, L. - Integrante / Jesús Pascual Mena Chalco - Coordenador. Número de produções C, T A: 10 Membro: Jesús Pascual Mena Chalco. |
| 1. | 2005-2007. Combinação de Classificadores Descrição: Atualmente existem várias técnicas estatístico-computacionais para classificação de dados e, nos últimos anos, diferentes técnicas de combinação de classificadores (as que se utilizam de mais de um classificador) têm sido propostas. Esta profusão de técnicas para classificação torna o projeto de classificadores uma tarefa não-trivial. Diante deste quadro, um sistema computacional que automatize parte da tarefa de projetar classificadores é altamente desejável, tanto para facilitar pesquisas na área como para servir de ferramenta para usuários que não são especialistas no assunto. Estabelecendo-se tal sistema como um objetivo a médio longo prazo, uma parte fundamental para sua realização é o desenvolvimento de uma visão sistêmica do processo de projeto de classificadores. Conhecer as técnicas existentes, seus fundamentos teóricos e aspectos relacionados a suas aplicações é essencial para o desenvolvimento dessa visão. Neste sentido, este projeto de pesquisa propõe uma ampla investigação teórica e experimental sobre técnicas de combinação de classificadores. Os estudos teóricos serão materializados em forma de seminários e relatórios técnicos, enquanto a experimentação dessas técnicas permitirá a resolução de problemas reais. Ambas serão fundamentais para um melhor entendimento do processo de projeto de classificadores.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 1 / Número de orientações: 2 Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata. |
| 2. | 2005-Atual. Coordenador: Edital Universal CNPq 2004: Novas técnicas de reconhecimento estrutural de padrões Descrição: Análise de configuração espacial de objetos e rastreamento em seqüências de vídeo.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissionalizante: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior. |
| 3. | 2005-2010. FAPESP Tidia-Ae - Ferramentas de Aprendizado Eletrônico para a internet avançada Descrição: Participação do Laboratório de Tecnologias de Interação do Departamento de Ciência da Computação do IME-USP no projeto TIDIA-Ae para o desenvolvimento de ferramentas de aprendizado eletrônico.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (1) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (2) . Integrantes: José Augusto Soares - Integrante / Leonidas de Oliveira Brandao - Integrante / Crisinta Cerri - Integrante / Leliane Nunes de Barros - Integrante / Fabio Kon - Integrante / Francisco Reverbel - Integrante / Jose Coelho de Pina Junior - Integrante / Carlos Hitoshi Morimoto - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Carlos Hitoshi Morimoto. |
| 4. | 2005-2010. Modelagem por redes (grafos) e técnicas de reconhecimento de padrões: estrutura, dinâmica e aplicações Descrição: Dentre os desafios enfrentados atualmente pela pesquisa em reconhecimento de padrões, cabe ressaltar três linhas fundamentais: (a) problemas em que elementos devem ser descritos estruturalmente através de uma rede indicando conexões entre tais elementos; (b) problemas envolvendo a evolução da informação ao longo de alguma variável independente (e.g. tempo, no caso de sequências de vídeo); (c) problemas envolvendo ambos aspectos, i.e. uma rede de elementos cuja dinâmica evolui ao longo de alguma variável independente. O presente projeto temático, unindo os grupos de visão do IME-USP e IFSC-USP, além de pesquisadores colaboradores de outras instituições, prevê o estudo, desenvolvimento e aplicação de técnicas de reconhecimento de padrões com esses três ítens formando o tema de integração da pesquisa. Além da área de reconhecimento de padrões, o projeto inclui técnicas e problemas de visão computacional, processamento de imagens e de sinais e bioinformática, todas sendo áreas de trabalho dos pesquisadores proponentes.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: COSTA - Integrante / R M Cesar Jr - Coordenador / Junior Barrera - Integrante. Membro: Junior Barrera. |
| 5. | 2005-Atual. Pesquisador Principal: Projeto Rede GIGA-RNP: Aplicações gráficas em redes avançadas Descrição: Aplicações em rede GIGA.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissionalizante: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: L Velho - Coordenador / Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante. Financiador(es): Rede Nacional de Ensino e Pesquisa - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior. |
| 6. | 2005-Atual. Prospecção de dados acadêmicos de currículos Lattes Descrição: Neste projeto são utilizadas técnicas de Reconhecimento de Padrões e Prospecção de Dados para explorar automaticamente extensos conjuntos de dados da Plataforma Lattes. As informações geradas pela nossa proposta serão de grande utilidade para a Comunidade Científica do Brasil, instituições de ensino e pesquisa, e principalmente, para atores relacionados à toma de decisões na política científica do Brasil. A ferramenta base para nossas análises é o software-livre "scriptLattes".. Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: CESAR JUNIOR, R. M. - Integrante / PEREZ, E. - Integrante / Jesús Pascual Mena Chalco - Coordenador. Número de produções C, T A: 23 / Número de orientações: 2 Membro: Jesús Pascual Mena Chalco. |
| 1. | 2004-2004. Análise de tráfego usando processamento de imagens Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) . Integrantes: Roberto Hirata Junior - Coordenador. Membro: Roberto Hirata Junior. |
| 2. | 2004-Atual. Biomedical Research Informatics for Global Health Training Program - BRIGHT Descrição: Projeto conjunto com o IME-USP, MIT e Harvard Medical School, no qual aplicaremos técnicas de análise de imagens por nós desenvolvidas para resolução de problemas em expressão gênica e bioinformática. . Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissionalizante: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Lucila Ohno Machado - Integrante / Richard Maas - Integrante / Eduardo Massad - Integrante / Junior Barrera - Coordenador. Membro: Junior Barrera. |
| 3. | 2004-2006. Coeficiente de Determinação, Redes Booleanas Probabilísticas e Regulação Gênica Descrição: A tecnologia de "microarrays" tem se mostrado como uma importante ferramenta para a pesquisa genética envolvendo uma grande quantidade de genes. Um problema chave na análise de expressão de genes, a partir de dados provenientes de "microarrays", envolve a predição da expressão de um gene alvo em termos da expressão de outros genes preditores. O coeficiente de determinação (CoD) tem sido usado para medir a qualidade de tais predições. Uma situação particular de configuração de CoDs define o que chamamos de genes de predição intrinsicamente multivariada. Recentemente, um novo modelo foi proposto na direção de fornecer uma visão integrada de como os genes se interagem: Rede Booleana Probabilística (PBN). Como este modelo tem grande potencialidade para explicar a interação de genes dentro de uma célula, é de fundamental importância um estudo em detalhes no sentido de entender resultados experimentais biológicos já conhecidos e/ou fornecer novas hipóteses para verificação experimental. Este projeto de pesquisa tem como interesse principal estudar problemas relacionados com CoDs e com PBNs. Dentre estes problemas, podemos citar (i) o desenvolvimento de algoritmos eficientes para encontrar genes de predição intrinsicamente multivariada; (ii) a procura por genes de predição intrinsicamente multivariada que poderiam levar a descobertas de importantes processos biológicos em determinados organismos ou em certos tipos de câncer; (iii) o estudo para encontrar uma possível relação entre arquitetura de PBNs e CoDs e (iv) a construção de pequenas PBNs a partir de subconjuntos de genes (genes iniciais) envolvidos em relevantes processos biológicos para descobrir novos genes em "pathways" relacionados com os genes iniciais.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: Edward R Dougherty - Integrante / Michael L Bittner - Integrante / Carlos Henrique Aguena Higa - Integrante / Sandro Pereira Vilela - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Texas A M University - Cooperação / Translational Genomics Research Institute - Cooperação. Número de produções C, T A: 1 Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto. |
| 4. | 2004-2004. Design Patterns em processamento de imagens Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) . Integrantes: Roberto Hirata Junior - Coordenador. Membro: Roberto Hirata Junior. |
| 5. | 2004-2006. In-vivo detection and quantification of matrix metalloproteinases using evolution of post-myocardial infarction Descrição: In-vivo detection and quantification of MMP activity and changes in LV deformation and geometry post-MI.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissionalizante: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Marcel Parolin Jackowski - Integrante / Albert J Sinusas - Coordenador / Lawrence Staib - Integrante / Marcel Parolin Jackowski - Integrante. Financiador(es): National Institute Of Health - Auxílio financeiro. Membro: Marcel Parolin Jackowski. |
| 6. | 2004-2009. Segmentação e busca de informação visual em vídeo Descrição: A revolução digital vem tornando disponível através da Internet uma enorme quantidade de informação, cujo acesso só se torna possível através de avançadas técnicas de busca e organização de dados. Essas técnicas em geral são apropriadas apenas para as informações do tipo texto e embora seja significativa a quantidade de informação disponível na forma de vídeo, imagens e áudio, a busca desse tipo de mídia é apenas possível através de anotações. O objetivo desse projeto é desenvolver formas eficientes de organização e indexação da informação visual em vídeos para tornar mais eficientes as ações de busca, visualização, armazenamento e transmissão de vídeo. Como resultado desse projeto serão desenvolvidos vários filtros para a detecção de atributos de vídeo em vários níveis semânticos diferentes, e uma plataforma onde tais filtros poderão ser integrados para formar um protótipo de um sistema para exploração em grandes bases de vídeo digital, baseado apenas em informações visuais.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissionalizante: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Thiago Teixeira Santos - Integrante / Carlos Hitoshi Morimoto - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.Número de orientações: 1 Membro: Carlos Hitoshi Morimoto. |
| 7. | 2004-2004. Uma grade basead em .Net Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) . Integrantes: Roberto Hirata Junior - Coordenador. Membro: Roberto Hirata Junior. |
| 8. | 2004-2006. White Matter Analysis from MR Diffusion Imaging Descrição: Develop methods for robust and accurate connectivity measurement in white matter and parcellation of white matter; evaluate and validate white matter methods using synthetic, phantom and real images; study and evaluate the application of these methods for measuring regional white matter differences.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissionalizante: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Marcel Parolin Jackowski - Integrante / Maolin Qiu - Integrante / Todd Constable - Integrante / Lawrence Staib - Coordenador / Marcel Parolin Jackowski - Integrante. Financiador(es): National Institute Of Health - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 1 Membro: Marcel Parolin Jackowski. |
| 1. | 2003-2006. Classificadores de amostras biológicas baseadas na expressão de poucos genes. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Hirata Junior - Coordenador. Membro: Roberto Hirata Junior. |
| 2. | 2003-2005. Identificação de regiões codificantes de proteína através da transformada modificada de Gabor/Morlet Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: CARRER, H. - Integrante / CESAR JUNIOR, R. M. - Integrante / Jesús Pascual Mena Chalco - Coordenador. Número de produções C, T A: 2 Membro: Jesús Pascual Mena Chalco. |
| 3. | 2003-2005. Redes Booleanas Probabilísticas e Bioinformática Descrição: Um problema chave e importante na análise de expressão de genes a partir de dados provinientes de "microarrays" que pretendemos pesquisar envolve a predição da expressão de um gene em termos da expressão de outros genes. O problema de predição consiste em determinar se um determinado gene está ligado ("up-regulated") ou desligado ("down-regulated") em dependência dos estados ligado e desligado de outros genes. É conhecido na literatura que os coeficientes de determinação (CoDs) [] são uma forma de medir a qualidade de tais predições. Neste trabalho pretendemos estudar algoritmos para a computação e ordenação de CoDs estimados (a partir de dados de "microarrays"). Recentemente, um novo modelo foi proposto na direção de fornecer uma visão integrada de como os genes se interagem: Rede Booleana Probabilística. Como este modelo tem grande potencialidade para explicar a interação de genes dentro de uma célula, tencionamos estudá-lo em detalhes no sentido de entender resultados experimentais biológicos já conhecidos e/ou fornecer novas hipóteses para verificação experimental.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Carlos Henrique Aguena Higa - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 1 Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto. |
| 1. | 2002-2007. Aproximação Genômica e Pós-Genômica ao Estudo da Malária Humana na Amazônia Brasileira Descrição: Análise de dados de biologia molecular, particularmente de expressão gênica, para entender mecanismos biológicos presentes no parasita da malária.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissionalizante: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Hernando A del Portillo Obando - Integrante / Junior Barrera - Coordenador. Membro: Junior Barrera. |
| 2. | 2002-2004. Cursos / Organização Mundial da Saúde Descrição: Organização de cursos de Bioinformática de curta duração para alunos latino-americanos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissionalizante: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Hernando A del Portillo Obando - Integrante / Junior Barrera - Coordenador. Membro: Junior Barrera. |
| 3. | 2002-2004. Data Warehouse para análise de dados do banco de sangue do Hospital Israelita Albert Einstein Descrição: Data Warehouse para análise de dados do banco de sangue do Hospital Israelita Albert Einstein.. Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. Alunos envolvidos: Especialização: (2) / Mestrado acadêmico: (2) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador. Financiador(es): Instituto Israelita de Ensino e Pesquisa Albert Einstein - Auxílio financeiro.Número de orientações: 2 Membro: João Eduardo Ferreira. |
| 4. | 2002-2006. Desenvolvimento de ambiente informatizado para análise determinística de dados epidemiológicos e de resistência genotípica do HIV-1. Descrição: Este projeto pretende implementar um banco de dados através da integração de bancos do Programa de DST-AIDS já existentes (SICLOM, SISCEL e RENAGENO) de modo a viabilizar os elementos analíticos para cruzamento de informações vinculadas aos aspectos clínicos, epidemiológicos e de genotipagem dos pacientes com HIV positivo. Pretende-se também adequar ferramentas de bioinformática que permitam analisar sequências do HIV, gerando laudos de genotipagem e subtipagem.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Especialização: (2) / Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador. Financiador(es): Ministério da Saúde - Auxílio financeiro.Número de orientações: 2 Membro: João Eduardo Ferreira. |
| 5. | 2002-2004. Identificação de Genes que Regulam Fenótipos de Interesse em Agropecuária através da Análise Computacional de Seqüências de Expressão Descrição: Projeto CNPq - Pesquisador. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Junior Barrera - Coordenador / Neves, E Jordão - Integrante / Roberto Hirata Junior - Integrante. Membro: Roberto Hirata Junior. Descrição: Análise de dados de biologia molecular, particularmente de expressão gênica, para pesquisar melhorias vegetais e animais.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissionalizante: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Junior Barrera - Coordenador. Membro: Junior Barrera. |
| 1. | 2001-2006. Aproximação Genômica e Pós-Genômica ao Estudo das Malárias Humanas de Plasmodium vivax e Plasmodium falciparum na Amazônia Brasileira.-ClinMalDB Descrição: A finalização do genoma de P. falciparum, bem como avanços significativos no genoma de P. vivax foram anunciados recentemente na revista Nature [415:702-709 (2002)]. Este projeto propõe o uso de abordagens genômicas e pós-genômicas em três áreas principais de pesquisa em malária: fatores de virulência, genética de populações e quimioterapia. Além disso, através da integração com o Núcleo de Bioinformática da USP, propomos a criação de um banco de dados de seqüências e imagens de microarrays (MalDB) para explorar de modo completo toda essa nova informação biológica.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Hernando A del Portillo, - Coordenador / João Eduardo Ferreira - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.Número de orientações: 1 Membro: João Eduardo Ferreira. |
| 2. | 2001-2003. Banco de dados de produtos e serviços para pessoas portadoras de deficiência Descrição: Banco de dados de produtos e serviços para pessoas portadoras de deficiência, junto ao CECAE-USP. Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: João Eduardo Ferreira. |
| 3. | 2001-2004. Coordenador de projeto CAPES-COFECUB: Raciocínio espacial aproximado e análise de formas para reconhecimento de faces Descrição: Reconhecimento estrutural de padrões através de casamento de grafos relacionais com atributos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissionalizante: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Isabelle Bloch - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Cooperação. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior. |
| 4. | 2001-2004. Pesquisador principal: Edital de Bioinformática CNPq: Identificação de genes que regulam fenótipos de interesse em agropecuária através da análise computacional de dados de seqüências e de expressão Descrição: Métodos de reconhecimento de padrões em bioinformática.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissionalizante: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Junior Barrera - Coordenador / Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior. |
| 5. | 2001-2004. Pesquisador principal: Edital Universal CNPq: Análise de formas representadas por landmarks Descrição: Análise de formas representadas por landmarks.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissionalizante: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: L. da F. Costa - Coordenador / Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior. |
| 6. | 2001-2005. Pesquisador Principal: Projeto Temático FAPESP: Desenvolvimento e avaliação de métodos originais e precisos em análise de formas e imagens e visão computacional Descrição: Análise de formas e reconhecimento de padrões.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (3) / Mestrado profissionalizante: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: L. da F. Costa - Coordenador / Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior. |
| 1. | 2000-2005. Cooperation for Analysis of Gene Expression - FAPESP No.99/07390-0 Descrição: Projeto Temático FAPESP. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Hugo Aguirre Armelin - Coordenador / Roberto Hirata Junior - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Hirata Junior. |
| 2. | 2000-2005. Cooperation for Gene Analysis Expression Descrição: Desenvolver técnicas de análise de expressão gênica e aplica-las ao entendimento de Problemas biológicos, como o controle do ciclo celular. . Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissionalizante: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Hugo Aguirre Armelin - Integrante / Junior Barrera - Coordenador. Membro: Junior Barrera. |
| 3. | 2000-2003. Indexing and Data Mining in Multimedia Databases-ImiMD Descrição: Indexação de resultados de classificadores em grandes volumes de dados.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Caetano Traina Junior - Coordenador / João Eduardo Ferreira - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.Número de orientações: 1 Membro: João Eduardo Ferreira. |
| 4. | 2000-Atual. Interfaces homem máquina baseadas em técnicas de visão computacional Descrição: Uso de técnicas de visão computacional para o desenvolvimento de interfaces não convencionais. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissionalizante: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Márcio Raul Medeiros Mimica - Integrante / Thiago Schumacher Barcelos - Integrante / Flavio Luis Coutinho - Integrante / Carlos Hitoshi Morimoto - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Ibm Coorporation - Cooperação. Número de produções C, T A: 9 / Número de orientações: 9 Membro: Carlos Hitoshi Morimoto. |
| 5. | 2000-2005. Magic Pointer Descrição: Projeto de Estudos Conjuntos com a IBM, para o desenvolvimento e teste do Magic Pointer, uma técnica de interação que utiliza rastreadores de olhar para facilitar tarefas de apontamento.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (3) / Mestrado profissionalizante: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Myron Flickner - Integrante / Carlos Hitoshi Morimoto - Coordenador. Financiador(es): Ibm Coorporation - Cooperação. Número de produções C, T A: 7 / Número de orientações: 7 Membro: Carlos Hitoshi Morimoto. |
| 6. | 2000-2004. Otimização de acesso a disco para grandes volumes de dados. Descrição: otimização de técnicas de acesso a disco baseado em dois conceitos de projeto físico de bancos de dados: indexação e cache.. Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador. Financiador(es): SUN Systems - Auxílio financeiro. Membro: João Eduardo Ferreira. |
| 1. | 1999-2003. Cooperation for Analysis of Gene Expression-CAGE Descrição: Cooperação entre professores dos departamentos de Bioquímica e Ciência da Computação da USP para o desenvolvimento de tecnologia para a análise de expressão gênica em diversos contextos biológicos. O projeto contempla a montagem de um laboratório de microarrays na Bioquímica e um laboratório de bioinformática na Computação, que permitam o desenvolvimento de todo processo de análise de expressão gênica por microarrays, desde a preparação bioquímica dos experimentos e aquisição dos dados, até a análise quantitativa desses dados.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) . Integrantes: Hugo H Armelin - Coordenador / João Eduardo Ferreira - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.Número de orientações: 2 Membro: João Eduardo Ferreira. |
| 1. | 1998-2000. Coordenador: Auxílio FAPESP: Análise multi-escala de formas Descrição: Desenvolvimento de métodos para análise multiescala de formas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissionalizante: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior. |
Data de processamento: 02/10/2012 16:35:03